Im September 1837 gelangte in Freienstein ein Bauerngut zum Verkauf, welches Baron Friedrich Sulzer von Warth als zweckmässig für die Unterbringung und Rettung verwahrloster Kinder taxierte. Die Liegenschaft wechselte für etwas mehr als elftausend Gulden ihren Besitzer. 
Im Herbst 1838 waren dann die nötigen Umbauarbeiten beendet und am 1. Oktober 1838 fand die Eröffnung der „Rettungsanstalt für arme und verwahrloste Kinder auf dem Freienstein“ statt und die ersten Kinder zogen ein.
Unterhalt und Löhne sollten damals allein aus freiwilligen Spenden gedeckt werden, die ein Verein von Gönnern aus Zürich und Winterthur mit einer Stiftung unterstützte. Ein Hausvater wurde gefunden, Johann Georg Blocher aus Leidringen im damaligen Königreich Württemberg. Dem ersten Heimleiterpaar standen für die Betreuung der 30 Kinder im Alter zwischen fünf und 13 Jahren ein Knecht und eine Magd zur Verfügung, dazu kam später ein Aufseher.
Erst etwa 50 Jahre später wurde der Hausvater durch einen Lehrer vom Unterrichten ganz entlastet. Es kamen eine Arbeitslehrerin und eine Haushalthilfe dazu.
1938 standen dem Heimleiterehepaar fünf Mitarbeiter bei: ein Lehrer, eine Arbeitslehrerin, eine Köchin, eine Haushilfe und ein Landwirt.
Ab 1946 ermöglichte die finanzielle Unterstützung durch den Staat bessere Arbeitsbedingungen, auf 30 Kinder kamen 25 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter.
Die gesellschaftlichen Veränderungen zeigten sich jeweils im Namenswechsel der Institution: Von „Rettungsanstalt auf dem Freienstein“ über „Evangelische Erziehungsanstalt auf dem Freienstein“ und „Evangelisches Schulheim auf dem Freienstein“ bis zur heutigen „Stiftung Wohnschule Freienstein“.
Im Jahre 2013 feierte die Wohnschule ihr 175-Jahrjubiläum. Die Trägerschaftsvollversammlung vom 31. Mai 2013 beschloss, den Verein Wohnschule Freienstein aufzulösen und in eine Stiftung mit dem Namen Stiftung Wohnschule Freienstein zu überführen. Das Gründungsdatum der neuen Stiftung war der 4. Juli 2013. Die Stiftung nahm ihre Tätigkeit offiziell am 1. Januar 2014 auf.
Die WSF arbeitet seit dem 1. Januar 2022 nach den Vorgaben des neuen Kinder- und Jugendheimgesetzes.